Pomieszczenia czyste są wymagane w niektórych branżach. Zapewniają nienaganne warunki podczas wytwarzania leków, operacji w szpitalach, ale też w produkcji części elektronicznych. Bardzo ważny jest brak jakichkolwiek zanieczyszczeń w powietrzu, ale również właściwa dezynfekcja blatów roboczych, sprzętów i linii produkcyjnych. Zaprojektowanie takiego pomieszczenia powinno uwzględniać sprawną wentylację, urządzenia do dezynfekcji oraz właściwe czujniki informujące o stanie powietrza.
Projektowanie pomieszczeń czystych duży nacisk kładzie na stały monitoring jakości powietrza, które powinno być wolne od mikroorganizmów oraz pyłów. Clean roomy powinny zawierać bardzo wydajną wentylację, która dodatkowo oczyszcza powietrze. Niekiedy montuje się ozonatory, które niszczą wszystkie mikroorganizmy. Istotne są też czujniki, które badają parametry powietrza. Często stosuje się specjalne pomieszczenie buforowe, które służą do przebrania się oraz zdezynfekowania, to bardzo istotne np. podczas zabiegów. Pomieszczenia czyste mogą dzielić się na klasy w zależności od zastosowania oraz wymaganych parametrów powietrza. Najwyższej klasy clean roomy muszą być nienagannie czyste i wolne od zapylenia.
